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fixed residue width,
sidebar with sequence information,
display disulfide bridges, modified residues etc.
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Start by loading a sequence already saved in a file on the hard drive.
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A19 The magnifying glass is a shortcut to peptide mass searching of the protein.
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‘Invert sequence’ will result in highlighting of sequences found in both N- and C-terminal directions (e.g. if entering KLGFT both the sequence KLGFT and the sequence TFGLK will be highlighted). Useful for searching for a ms/ms sequence tags (you may not know whether it is a y-ion or a b-ion series). Isobaric resides will, if checked, highlight both kinds of residues, i.e. if the ‘Q/K’ checkbox is checked and the sequence LKT is entered, the sequence LQT will also be highlighted. Again, this is for the benefit of ms/ms sequence tags.
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