SnapGene 8.0 较新发布

以下文章来源于SnapGene ，作者SnapGene 

概述

SnapGene 8.0 带来了全新的外观和体验，主要针对数据查看器，具备批量注释和数据操作的新功能，以及针对参考序列编辑比对的新方法。

使用特征和引物批量注释您的质粒

快速检测常见特征，并从列表中将引物添加到项目文件夹面板中选定的多个序列上，更改序列属性(如甲基化和拓扑结构)，并轻松对选定序列进行比对和凝胶模拟。

超前的流线型图谱、序列、特征和引物视图

更新后的图谱、序列、特征和引物视图经过重新构建和简化，以突出关键数据和功能，并在特征和引物表格中添加了灵活的筛选和排序功能。

参考DNA序列编辑比对

当使用“参考DNA序列比对”功能时，您现在可以通过编辑桑格测序结果中的缺口位置和虚拟构建体来验证您的序列。

文件和文件夹交互的增强功能

通过改进文件夹面板中的文件选择以及对未保存文件的新可视化和操作，数据管理得以简化。

更新细节

项目中的增强注释和多文件转换

• 在项目中导入特征或检测多个DNA文件中的共同特征

• 从列表或SnapGene、VNTR或Clone Manager文件中导入引物到多个序列

• 环化、线性化或翻转多个多核苷酸文件

• 更改多个序列的文件属性，包括甲基化、拓扑结构和链方向

• 为多个DNA文件选择要显示的酶

• 为多个序列编辑DNA或RNA末端

• 为多个序列生成DNA、RNA或蛋白质

• 多文件中的修剪历史

项目中增强的文件管理功能

• 增加了选择文件夹的能力，并增加了部分文件夹选择的指示

• 可以快速清除整个选择或按类型取消选择文件

• 通过在给定文件类型的文件计数右侧点击Opt/Alt键来取消选择其他类型的文件

• 当关闭项目窗口中的最后一个标签时，文件/文件夹选择现在会被清除

• 添加了帮助链接

未保存更改的改进可视化和操作

• 在文件夹面板和标签中，文件旁边会显示一个黄色圆点

• 在项目文件夹树的顶部会显示一个警告

• 在项目中添加了保存所有、放弃所有或选择未保存文件的选项

超前的图谱和序列视图

• 将标签移至顶部，将选择栏移至底部

• 将序列视图的缩略图移至视图底部

• 将所选酶组指示器移至选择栏

• 将底部左侧的“缩放”按钮(仍可通过视图菜单访问)替换为“查找”按钮，以便在查看ssRNA或ssDNA结构时切换搜索控制并添加搜索支持

• 将底部的“描述面板”复选框替换为顶部的“信息”按钮

• 将左上角的“语言”按钮替换为“设置”按钮

• 通过将不常用操作移至侧边菜单和/或一个新的“显示”按钮(位于右上角，无论视图选项设置如何，现在都显示一致的可预测图标)来简化侧边工具栏

• 更新了历史视图右上角的控件外观和特性，以及在没有历史记录时显示的消息

• 在右上角添加一个绿色复选标记图标，以指示序列是否“经实验确认”

• 更新、添加和现代化了许多工具提示，这些提示现在无延迟显示

• 现代化且现在可取消的警报已从顶部移至右下角

• 对于无法显示的内容(如酶、特征或引物)的警报现在包括一个链接，指向综合列表和有关用户如何查看更多所需内容的信息

现代化的特征和引物视图

• 超前的外观和观感

• 允许展开和折叠单个特征和引物

• 将查找字段移至顶部，现在可以对表格进行筛选

• 现在在表格中高亮显示匹配项

• 增加了对列进行反向排序的功能

• 增加了使用颜色选择器快速更改注释颜色的功能

• 添加了复选框以指示和修改选择

• 为替代起始密码子添加了工具提示

增加了在查看与参考序列的比对时跨间隙移动碱基的支持。通过使用箭头键按住Alt或Opt键，可以逐个碱基或完全地跨间隙移动碱基

更新了限制性内切酶数据库，包括：

• 从EURx添加了HpySP4III

• 从New England Biolabs添加了PsiI - v2、TaqI - v2、Alel - v2、BsrFI - v2和WarmStart® Nt.BstNBI

• 从NYZTech添加了Speedy酶

• 从TaKaRa添加了RspRII

• 从Vivantis添加了Fast Digest酶

• 从EURx和CHIMERx添加了CviJI

• 从Promega添加了EciHKI

•从Roche添加了Bmyl和Saul

• 从SibEnzyme添加了KroNI和SspMI

• 修正了Nb.Mva1269I的名称

• 添加了Enzymatics、USBiological Life Sciences和Yeasen供应商信息

• 新的缓冲液和更新的酶活性、推荐的缓冲液和缓冲液颜色

• 标记已停产的酶

• 更新供应商网站链接

改进了酶数据库对话框

• 改进了默认大小

• 已停用的酶现在以灰色斜体显示

• 将增强型酶移至视图顶部

• 移除了供应商视图顶部的酶列表

支持从选定的比对共识序列创建“新文件”

在Projects(项目)的kebab菜单中添加了“打开较近项目”和“创建项目”操作

将荧光蛋白CDS mEos3.1添加到通用特征数据库

通过移除引物标签、侧边工具栏中的引物按钮和杂交选项链接，简化了设计合成构建体对话框(在没有引物时)

简化了使用单个确认对话框保存或丢弃未保存更改来关闭多个窗口或标签的操作

允许在HTML格式的窗口中选择和复制文本，例如Tm计算方法或比对算法的摘要

将标签拖到较低的窗口上会在延迟后将其提升，以便可以将标签拖放到该窗口上

减少了序列视图中的左边距，并将翻译方向指示器移近序列

简化了右键单击比对序列内容时提供的选项

简化了祖先序列中特征和引物的上下文菜单

在“开始”面板中添加了“新功能”部分

Bug 修复

• 修复了在Windows上打开或处理具有大量历史记录的文件时的稳定性问题

• 纠正了从GenBank和Geneious导入的环状序列中某些反向链特征的特征片段顺序

• 修复了在Windows上将100 kb以上的序列与参考序列比对时可能出现的崩溃问题

• 修复了导出超过约25,400个碱基的共识序列时被截断的漏洞

• 在导出无间隙的多序列比对的共识序列时，现在提供了导出文件格式选项

• 禁止使用SnapGene格式导出包含间隙的多序列比对的共识序列

• 修复了在某些比对中使用“从选择中新建文件”时可能出现的卡顿问题

• 提高了打开大文件时的稳定性

• 准确报告Parasail版本

• 改进了低分辨率显示时的“新建文件”面板

• 改进了调整分割视图大小时鼠标指针的更新

• 确保在视图分割时显示侧边工具栏中的“对齐到参考”按钮

• 修复了在“编辑DNA末端”对话框中拖出选择项时的漏洞

• 修复了通过点击并拖放文件和文件夹面板中的单个文件来移动文件夹时，其所包含的文件夹也会被移动的问题

• 修复了导出序列时，如果允许*文件扩展名但该扩展名不是文件格式的默认扩展名则无法保留的问题

• 确保在合并所有窗口后项目窗口会置顶

• 改进了使用多屏幕时窗口和其他控件的放置方式

• 确保从窗口拖出的标签会放置在其被拖放的屏幕上

• 修复了在选中包含单个文件的文件夹时，该文件会在选项卡中打开的问题

• 修复了在项目搜索中使用未加引号的查询（包含 's 和 '）时会出现的错误

• 修复了在项目搜索中使用带引号的查询时，包含制表符和非常规空格字符的问题

• 修复了在从开放序列中复制和粘贴区域或特征时，“新建文件”窗格无法自动填充上下文信息名称的回归问题

• 确保在从开放序列中复制和粘贴时，“新建文件”窗格中的“传输特征”复选框会自动选中

• 修复了在点击“显示详细信息”后取消全部保存时，从未保存过的序列会显示无意义文件名的问题

• 在“关于”对话框中更新了指向Qntp的链接

• 修复了在导出到GenBank时LOCUS行上分子类型编码的各种问题

• 当导出到GenBank时，如果序列名在LOCUS行上少于16个字符，则在序列名左侧插入空格

• 修复了Windows上某些下拉菜单的渲染问题

• 修复了在“更改甲基化”对话框中*的转化菌株未在描述面板中反映的问题

•修复了在“历史视图”中使用上下文菜单操作取消高亮显示限制位点导致所有限制位点的高亮显示都被移除的问题

• 提高了制作/编辑蛋白质比对特征时的稳定性

• 移除了针对比对序列的“高亮显示”和“清除高亮显示”上下文菜单操作，因为这些命令不起作用，并且由于切割位点的位置与参考序列不同，对于比对序列没有意义

• 修复了使用上下文菜单隐藏或移除比对序列中的酶时出现的各种问题，这些操作不起作用，或者在参考序列中进行这些操作不会导致比对序列更新，反之亦然

• 移除了用于复制比对序列特征翻译的上下文菜单操作，因为这不起作用，并且这样做会有问题，因为整个特征及其翻译可能由于修剪而不可见

• 提高了单链序列环化时的稳定性

• 当水平空间受限时，通过收起标签并显示“更多”按钮改进了标签栏

• 改进了选择操作以提示“组装重叠群”操作

• 修复了跨越特征边界的密码子有时在序列视图中翻译错误或未显示翻译的各种问题

• 修复了在macOS上按住Option键时显示的备用菜单操作的各种问题

• 修复了在文件和文件夹面板中选择别名、符号链接或镜像文件的问题

• 修复了注销时的误导性消息

• 提高了从列表中导入引物时的稳定性

• 提高了在处理器较少和内存较小的较慢计算机上模拟金门克隆时的稳定性

• 提高了在Windows上使用键盘调整下拉菜单时的稳定性

• 修复了单链序列环化时的崩溃问题

• 提高了从NCBI导入时的可靠性

• 提高了使用Flexera共享许可证时的可靠性

• 改进了从GenBank解码特征方向性的功能

•修正了导出到GenBank或FASTA格式时的序列跟踪名称

• 正确编码导出到GenBank时LOCUS行上的RNA分子类型

其他

• 将固定宽度字体更改为Liberation Mono

• 合并了SnapGene和SnapGene查看器应用程序，以提供流畅的升级体验并简化应用程序的安装和管理

• 更新了各种第三方工具：

- io_lib更新至1.14.15

- Parasail更新至2.6.1

- Qt更新至6.2.12

北京天演融智软件有限公司（科学软件网）是SnapGene软件在中国的授权经销商，为中国的软件用户提供优质的软件销售和培训服务。