Geneious Prime v2025.1 分子生物学与序列分析工具介绍

以下文章来源于SnapGene ，作者SnapGene
 

Geneious Prime 将行业领先的生物信息学和分子生物学工具直接交到研究人员手中，简化序列分析并助力获取深刻见解。

Geneious Prime 2025.1 功能概述

Geneious Prime 2025.1 带来了新功能，包括原生苹果芯片(ARM64)支持、用户界面增强功能、二代测序(NGS)质量报告等。

自动质量控制报告

再导入的序列列表上自动生成质量报告、以可视化二代测序(NGS)数据的整体质量，该报告使用来自巴布拉汉生物信息学(Babraham Bioinformatics)的FastQC工具进行计算。

简化的用户界面

通过易用性方面的改进，您可以轻松浏览数据，这些改进报告增强的拖放导入功能、新的舒适紧凑布局、悬停效果等。
• 更新了用户界面布局，新增“舒适”和“紧凑”两种密度选项

• 在文档表格和文件夹树种新增悬停效果

• 将筛选按钮移至文档表格左侧

• 为筛选按钮和列管理按钮添加文本

克隆验证功能增强

通过对克隆验证工具在易用性和性能上的改进，您可以轻松地对测序数据进行分组和批量比对，以虚拟克隆的方式呈现。

• 优化了选择参考序列和分配读数的用户界面

• 增加了从读数区通过拖放来添加参考序列的功能

• 在操作菜单和下拉菜单种添加了重命名群组的选项

• 结果视图现在以表格形式打开，手动展开时会加载序列视图

• 当处理大量序列时，提升了克隆验证操作的性能

• 进行了各种其他视觉效果改进和漏洞修复

苹果芯片支持

Geneious Prime现在原生支持苹果芯片(ARM64架构)，在macOS系统上分析速度可提升40%甚至更多。

其他修复和小改动

密码子优化：

• 改进了提示信息，当由于设置过于严格而无法创建优化序列时，会给出更清晰的提示

从头组装(De Novo Assembly)：

• 修复了一个问题，即在某些情况下，当序列重叠超过30个碱基对时，从头组装环状序列却无法得到环状结果的问题

导入/导出：

• 改进了导入GenBank文件时对单碱基区间和无效区间的处理

• 当导出的某些文档存在数据缺失(例如由于文件同步软件故障)时，这些文档现在将被排除在导出范围之外，并弹出警告对话框提示用户

• CSV导入不再会因为数据库中存在无法索引的损坏文档，而在等待索引完成时卡死

• 改进了对新导入文档的未读标记高亮显示

许可证：

• 修复了一个错误：当使用邮箱登录许可证激活Geneious Prime后，软件离线超过一天时会出现的错误

• 修复了使用邮箱登录激活Geneious Prime时的其他各种问题

映射到参考序列：

• 在拥有大量CPU的机器上，性能得到了提升

NCBI BLAST：

• 删除了“其他参数(Other Arguments)”选项

• 删除了将E值设置为零的无效选项

序列视图：

• 修复在尝试查看过大而无法加载到内存中的序列列表时偶尔出现的崩溃问题

• 修复金门克隆在序列列表上运行时，未对多个限制酶切位点发出警告的错误

• 改善在创建大型序列比对或重叠群时某些情况下的性能

• 修复在选择和删除网络文档时偶尔出现的崩溃问题

• 纠正深色模式下在树状图查看器中显示有根树和无根树的图表错误

• 修复从导入的VectorNTI文档中提取数据时出现的罕见错误

• 更新macOS系统的本地网络警告弹出信息

• 修复在macOS系统中，对已选中的文档进行按住Control键点击(右键点击)时，会使文档字段进入编辑模式，并弹出上下文菜单导致崩溃的问题

• 修复序列中包含“?”字符时，引物特性计算可能引发的错误

• 修复在网络数据库中选择文档时偶尔出现的崩溃问题

• 修复在网络连接断开后关闭Geneious Prime时可能出现的罕见卡顿问题

• 修复当文档表中有多个注释轨道时可能出现的错误

• 修复复选框在鼠标悬停在未选中行上时偶尔会显示已勾选的错误

• 修复导致Geneious偶尔无提示停止运行的过度内存占用问题

• 修复Geneious Prime 2025测试版中阻止向新安装的Geneious服务器数据库添加用户的错误

• 修复从序列列表中提取序列时，如果原始序列被提取，原序列中的注释会被删除的错误

• 修复现在从序列列表文档中提取序列时，序列内存储的注释会附着到相应序列上的问题

• 修复在进行限制性克隆操作时注释方面的罕见错误

其他修复和小改动

Java

• 在macOS系统上，将捆绑的JRE版本更新到21.0.4版本

• 在所有操作系统上，更新插件开发工具包以使用Java21

许可证

• 停止支持使用Flexnet个人和团队许可证激活Geneious

• 取消从Flexnet浮动许可证借用浮动许可证席位的支持

• 由于NCBI已弃用PopSet数据库，因此从Geneious中移除了NCBI PopSet数据库搜索功能

北京天演融智软件有限公司（科学软件网）是Geneious软件在中国的授权经销商，为中国的软件用户提供优质的软件销售和培训服务。